En Naruto Trainer, entras en el lugar de un niño cuya vida se ha puesto al revés después de que su pueblo es atacado. Ahora enviado a la aldea oculta de Leaf, debe continuar su entrenamiento ninja, perfeccionando su para que se fortalezca. Sin embargo, su viaje va más allá de solo entrenamiento. A medida que avanza, descubrirá secretos que rodean el ataque a su hogar y buscará la verdad sobre lo que le sucedió a su familia.