En Hunter: Space Pirates, la historia comienza con un niño de tres años que está misteriosamente separado de su madre. El niño es acogido por una pareja de buen corazón que está afligiendo la pérdida de su hijo, y encuentra consuelo bajo su cuidado. Su padre adoptivo, un piloto de combate de la Armada retirado apodado "Viper", inspira la fascinación del niño con los aviones.
Sin embargo, la tragedia ataca nuevamente cuando la pareja pierde la vida en un trágico encuentro con un oso pardo. Ahora al borde de la adolescencia, el niño se coloca en una nueva casa de acogida, donde debe adaptarse a la vida junto con cuatro mujeres. Mientras navega por este nuevo capítulo, sus interacciones con las mujeres que lo rodean dan forma a su viaje de autodescubrimiento y comprensión de las relaciones, el amor y la identidad.